La despoblación sufrida por los pueblos desde el siglo XX, ocasionada por la "modernidad", en muchos casos difumina la importancia que estos alcanzaron siglos atrás. La historia de Mandayona es la historia de tantos y tantos pueblos, cabeza de señorío, que portan con orgullo los ecos de un pasado de grandeza

Mandayona se encuentra a orillas del río Dulce, en un tramo de la antigua calzada romana que permitió el paso de tantas personas durante su viaje entre Mérida y Zaragoza por la villa romana de la que aún quedan vestigios en la localidad. En el margen de esta primitiva vía de paso se alzó en época islámica, hacia el siglo X d.C., una fortaleza que tenía como objetivo principal el de controlar el tránsito de mercancías y personas por este lugar. Y, aunque hay varias hipótesis al respecto, parece muy probable que el origen de Mandayona se encuentre ligado a esta fortaleza, ya que una de las tribus bereberes que entraron en la Península durante la conquista islámica es la denominada Madyūna, que se sabe que estaba presente en este momento en la zona.

La mención más antigua conocida de Mandayona es de un documento de delimitación de términos del año 1143, habiendo sido ya conquistada por los cristianos, que se refiere a ella como Mandaiona. Su condición de territorio fronterizo duró bastantes años, e hizo que el pueblo creciera en torno a su castillo, que dotaba de seguridad a la población. Así, desde aproximadamente finales del siglo XI, Mandayona será una aldea que formaba parte de la Tierra de Atienza. Sin embargo, a partir de 1435, debido a la escisión de parte del territorio atencino por obra del rey Juan II para entregar como dote en el enlace de una pareja de colaboradores, Mandayona quedó constituida como villa y señorío, siendo Doña María de Castilla y Gómez Carrillo los primeros Señores de Mandayona.

Estos momentos de la Baja Edad Media resultaron ser una época de esplendor para Mandayona, ya que dicha condición de villa y señorío le otorgaba ciertas ventajas, como el control de varias de las aldeas de su entorno. Hasta cinco lugares, como se denominaban en la documentación medieval, formaron la Tierra de Mandayona: Algora, Aragosa, Mirabueno, Villaseca de Henares, y la propia Mandayona, que sumaban un total de 895 habitantes en el año 1530. Sin embargo, la ya instaurada paz en el reino de Castilla hizo que los castillos que no se reconvirtieron en palacios cayeran en la ruina, como se sabe que se encontraba el castillo de la villa ya a comienzos del siglo XVI. Sin embargo, es en ese mismo siglo, el XVI, cuando se construye la iglesia de San Pedro Apóstol, de estilo renacentista, que sin lugar a dudas debió de coger el testigo de un templo anterior de estilo presumiblemente románico.

Tantas grandezas pasadas quedan amplificadas por la cercanía del Parque Natural del río Dulce, que hace del entorno en el que se encuentra Mandayona una perfecta mezcla entre historia, patrimonio y naturaleza viva.